« El Niño est là. » L’alerte est lancée. Et elle est prise très au sérieux. Le 6 novembre, à l’issue d’une réunion ministérielle extraordinaire à Nairobi, les pays membres de la Communauté d’Afrique de l’Est (EAC) ont adopté un plan régional d’urgence pour anticiper les conséquences du phénomène climatique. « El Niño doit trouver l’Afrique de l’Est prête, coordonnée et unie », a déclaré Rebecca Alitwala Kadaga. Évoquant le souvenir des épisodes de 1997-1998 et de 2023-2024, la Première ministre adjointe de l’Ouganda a averti : « Nous avons appris à nos dépens que le coût de l’impréparation est toujours supérieur à celui de la préparation. » Le plan adopté par les huit pays membres de l’organisation régionale doit notamment permettre de renforcer les systèmes d’alerte précoce, la coordination sanitaire, la protection des infrastructures et la sécurité alimentaire.

Trop d’eau à l’Est, pas assez au Sud

La menace peut apparaître lointaine, elle n’en est pas moins réelle. A des milliers de kilomètres du continent africain, le Pacifique se réchauffe à un rythme jamais vu. Selon l’Organisation météorologique mondiale (OMM), l’anomalie thermique est passée de +1,6 °C en juin à +2,5 °C en août 2026, par rapport aux normales. Pour le dernier trimestre de l’année, les modèles anticipent une anomalie moyenne de +3,7 °C, avec un pic attendu en décembre. Si cette prévision se confirme, elle dépasserait largement le précédent record de +2,6 °C enregistré lors de l’épisode 2015-2016.

Ce réchauffement des eaux du Pacifique perturbe la circulation atmosphérique et modifie les régimes de précipitations à l’échelle mondiale. Pour l’Afrique, les conséquences s’annoncent nombreuses. Dans la Corne de l’Afrique, El Niño devrait favoriser des pluies très abondantes, pouvant atteindre 150 % des normales, voire davantage, dans de nombreuses zones. Le centre et le sud de la Somalie, le Kenya et le sud-est de l’Éthiopie figurent parmi les territoires les plus exposés aux inondations. À l’inverse, l’Afrique australe devrait affronter un déficit pluviométrique et des températures supérieures aux normales. L’épisode pourrait être ainsi résumé : trop d’eau à l’Est, pas assez au Sud.

Des gouvernements sur le qui-vive

Au Kenya, c’est l’excès de pluie qui inquiète. Les autorités redoutent des inondations susceptibles d’endommager les infrastructures, de perturber les transports et de compromettre les récoltes. L’enjeu est considérable pour un pays dont l’agriculture représente environ un tiers du PIB et fait vivre une grande partie de la population rurale. Les cultures d’exportation, notamment les fleurs, les fruits et les légumes, sont particulièrement exposées aux intempéries et aux ruptures des chaînes logistiques. Le gouvernement a annoncé une enveloppe de 2,1 milliards de shillings, soit environ 14 millions d’euros, pour protéger les élevages, prévenir les maladies animales et renforcer certaines infrastructures. Le souvenir des inondations de 1997-1998 reste vif : cet épisode d’El Niño, suivi de La Niña, avait entraîné des pertes économiques évaluées par la Banque mondiale à l’équivalent de 14 % du PIB kényan de l’époque sur trois ans. Cette fois, les autorités ont cartographié les risques dans 18 comtés prioritaires et prépositionné des stocks de secours.

Au Zimbabwe, la menace vient au contraire du manque d’eau. Le pays redoute une saison des pluies tardive et irrégulière, accompagnée de longues périodes de sécheresse et de températures supérieures aux normales. Le gouvernement a approuvé en septembre un plan d’atténuation mais la situation alimentaire est déjà tendue. Dans certaines zones du pays où les récoltes de maïs sont déficitaires, les prix ont quasiment doublés par rapport aux régions en excédent. L’épuisement rapide des stocks et le coût des denrées pèsent déjà sur la population alors même que les effets de El Niño ne se sont pas encore faits pleinement sentir.

Le Malawi, enfin, pourrait être toucher à la fois par la sécheresse dans le centre et le sud du pays et par les inondations dans sa partie septentrionale. Le gouvernement a élaboré un dispositif national de préparation pour la saison 2026-2027, couvrant l’agriculture, la sécurité alimentaire, la santé, l’accès à l’eau et les transports pour un montant d’environ 280 millions de dollars. L’enjeu est crucial pour ce pays très dépendant de la culture du maïs, où les précédents épisodes de sécheresse ont déjà lourdement affecté les récoltes.

Des champs aux marchés, quelles conséquences ?

Les précédents épisodes d’El Niño donnent une idée de l’ampleur possible du choc sur l’Afrique. Lors de la saison 2015-2016, l’Afrique australe avait connu l’une de ses sécheresses les plus sévères depuis plusieurs décennies. La production de maïs en Afrique du Sud avait chuté de 40 % par rapport à son niveau habituel. Au Zimbabwe, au Malawi et dans plusieurs autres pays de la région, les pertes agricoles avaient aggravé l’insécurité alimentaire et accru les besoins d’importation. L’épisode de 2023-2024 a lui aussi provoqué de graves sécheresses en Afrique australe, tandis que des pluies intenses et des inondations frappaient l’Afrique de l’Est.

Faut-il pour autant redouter une flambée généralisée des prix alimentaires mondiaux ? Pas nécessairement. Les disponibilités mondiales, les politiques d’exportation et les conditions de production dans les grands pays agricoles jouent également un rôle déterminant. Le risque est néanmoins réel pour les marchés régionaux africains, particulièrement dépendants des échanges de céréales. Une mauvaise récolte simultanée dans plusieurs pays producteurs pourrait réduire les disponibilités, accroître les besoins d’importation et renchérir les approvisionnements. Les ménages les plus pauvres, qui consacrent une part importante de leurs revenus à l’alimentation, seraient les premiers touchés.

Le calendrier laisse encore une marge de manœuvre. Les conséquences alimentaires les plus sévères d’El Niño apparaissent généralement plusieurs mois après les premières anomalies météorologiques, au moment où les stocks s’épuisent et où la période de soudure s’installe. C’est précisément cette fenêtre que les organisations internationales demandent aux gouvernements de mettre à profit. Encore faut-il que les financements suivent les alertes. Car, face à un phénomène climatique dont les effets sont désormais largement anticipés, le principal risque serait de ne pas avoir agi à temps.